國家重點實驗室
國家工程研究中心
國家工程實驗室
國家地方聯合工程實驗室
教育部重點實驗室
高性能陶瓷纖維教育部重點實驗室
教育部批準設立的研究機構
廈門大學歷史研究所 廈門大學人類學研究所
廈門大學中國語言文學研究所 廈門大學海外華文教育研究所
（中國）廈門大學馬來西亞研究所
微納光電子材料與器件教育部工程研究中心
教育部寄生動物學研究室（廈門大學）
教育部細胞生物學研究室（廈門大學）
中國海關史研究中心 國家農村社會保險研究中心（勞動與社會保障部委托）
國家其它部委設立的研究機構
福建省批準設立的研究機構
福建經濟研究中心（省校共建） 福建女性發展研究中心（省校共建）
福建省等離子體與磁共振研究重點實驗室 福建省半導體材料及應用重點實驗室
福建省高校微納米系統重點實驗室 福建省半導體照明工程技術研究中心
福建省高校化石能源化學與化工重點實驗室
廈門大學集成電路設計工程技術研究中心 福建省高校無機化學與功能材料重點實驗室
福建省高校特種陶瓷重點實驗室 福建省特種先進材料重點實驗室
福建省醫學分子病毒研究中心
福建省高校生物醫學工程重點實驗室 福建省亞熱帶濕地生態學重點實驗室
福建省資源微生物重點實驗室 福建省神經退行性疾病及衰老研究重點實驗室
福建省眼科與視覺科學重點實驗室 福建省基礎醫學實驗教學示范中心
福建省抗癌研究中心
福建省藥學實驗教學示范中心 福建省濱海濕地保護與生態恢復工程技術研究中心
福建省防火阻燃材料重點實驗室 福建省固體表面涂層材料技術開發基地
福建省陶瓷纖維工程技術研究中心
廈門大學哲學與當代社會研究中心 廈門大學中國社會經濟史研究中心
廈門大學公共財政研究中心 廈門大學世界經濟研究中心
廈門大學國際經濟法研究中心 廈門大學企業發展戰略研究中心
廈門大學公共政策與政府創新研究中心 廈門大學金融研究中心
廈門大學人類學研究中心 廈門大學數據挖掘研究中心
中國特色社會主義研究中心 公共服務質量研究中心
海洋法與中國東南海疆研究中心 財稅金融法治研究中心
立法研究中心
廈門市批準設立的研究機構
廈門市光電信息材料與器件工程技術研究中心 廈門市MEMS工程技術研究中心
廈門市創新方法工程技術研究中心
智能圖像與信息處理研究室（ATR） 新技術開發研究所（市校共建）
廈門市高性能金屬材料重點實驗室 廈門市防火阻燃材料重點實驗室
廈門市醫學分子病毒研究中心
海峽（廈門）中醫藥科技平臺
廈門市手性藥物重點實驗室 廈門市電子陶瓷材料與元器件重點實驗室
校批研究機構
廈門大學美國史研究所 廈門大學哲學研究所
廈門大學宗教學研究所 廈門大學傳播研究所
廈門大學古籍研究所 廈門大學佛學研究中心
廈門大學道學與傳統文化研究中心 陳嘉庚研究室
品牌與廣告研究所 人文學院教學實驗中心
道學與傳統文化研究中心 漢語語言學研究中心
戲劇戲曲學與藝術學研究中心 東南亞華文文學研究中心
中國社會經濟史研究中心 海洋考古學研究中心
旅游人類學研究中心
傳播研究所
廈門大學外國語言文學研究所
藝術研究所
廈門大學人口研究所 廈門大學國民經濟與核算研究所
廈門大學財政科學研究所 廈門大學金融研究所
廈門大學特區研究所 廈門大學社會主義經濟制度研究中心
廈門大學公共財政研究中心 廈門大學社會經濟統計研究中心
廈門大學證券研究中心 廈門大學澳大利亞研究中心
廈門大學WTO研究中心
廈門大學興業銀行金融創新研究中心 廈門大學勞動經濟研究中心
計量經濟學研究中心
金融研究中心 中國勞動經濟學與社會保障研究中心
中國宏觀經濟研究中心 政治經濟學研究中心
現代統計學研究中心 SAS計量經濟學合作中心
現代管理科學研究所 會計研究所
國際經濟法研究所 海洋政策與法律中心
民商法研究所 世界貿易組織（WTO）研究中心
廈門大學人口研究所 廈門大學政治學與行政學研究所
廈門大學公共管理與政策分析研究中心 廈門大學社會發展研究中心
公共事務學院教學實驗中心
廈門大學數學研究所 廈門大學精算學研究中心
廈門大學半導體光子學研究中心 廈門大學理論物理與天體物理研究所
廈門大學技術物理研究所 廈門大學精密工程研究所
廈門大學非硅微納系統制造技術研究所 廈門大學微納米加工與檢測聯合實驗室
廈門大學中澳功能納米材料聯合實驗室
化學電源研究中心
電子信息研究所
人口資源環境與地理信息系統研究中心 廈門大學語言技術中心
廈門大學系統工程研究室
廈門大學軟件研究與開發中心 軟件學院教學實驗中心
特種先進材料實驗室
膜技術應用與推廣中心
中國一航－廈門大學特種先進材料研究中心 廈門大學－日本東北大學材料設計聯合實驗室
廈門大學濕地與生態工程研究中心 廈門大學生物能源中心
廈門大學眼科研究所
廈門大學消化疾病研究所 廈門大學器官移植研究所
中醫藥研究中心 廈門大學海洋政策與法律中心
環境科學研究中心 廈門大學金融工程研究中心